Metodologi penelitian pada hakekatnya merupakan operasionalisasi dari epistemologi kearah pelaksanaan penelitian. Epistemologi memberi pemahaman tentang cara/teori menemukan atau menyusun pengetahuan dari idea, materi atau dari kedua-duanya serta merujuk pada penggunaan rasio, intuisi, fenomena atau dengan metode ilmiah  (Rusidi, 2004 :3).

Sehingga bagaimana menemukan atau menyusun pengetahuan memerlukan kajian atau pemahaman tentang metode-metode. Dalam pengertian ini perlu dibedakan antara metode dan teknik. Secara keilmuan, metode dapat diartikan sebagai cara berpikir, sedangkan teknik diartikan sebagai cara melaksanakan hasil berpikir. Jadi dengan demikian metodologi penelitian itu diartikan sebagai pemahaman metode-metode penelitian dan pemahaman teknik-teknik penelitian.

Makna penelitian secara sederhana ialah bagaimanakah mengetahui sesuatu yang dilakukan melalui cara tertentu dengan prosedur yang sistematis (Garna, 2000:1). Proses sistematis ini tidak lain adalah langkah-langkah metode ilmiah. Jadi pengertian dari metodologi penelitian itu dapat diartikan sebagai pengkajian atau pemahaman tentang cara berpikir dan cara melaksanakan hasil berpikir menurut langkah-langkah ilmiah.

Terhadap cara untuk mengetahui dan memahami sesuatu, Babbie (1992) berpendapat :” … science as a method of inquiry – away of learning and knowing things about the world around us “. Dengan demikian untuk memahami dan mempelajari sesuatu yang terjadi di sekeliling kita akan terdapat banyak cara. Walaupun demikian ilmu tetap memiliki ciri tertentu, yang sesungguhnya ciri tersebut berada dalam berbagai aktivitas yang dilakukan sehari-hari. Menurut Pierce (dalam Kerlinger, 1973) terdapat empat metode untuk memahami sesuatu (methods of knowing) yaitu : the method of tenacity (wahyu), the method of authority (otoritas),the a priory method (intuisi) dan the method of science (metode ilmiah). Penelitian termasuk ke dalam metode ilmiah, sebagai metode memahami yang paling baik guna memperoleh kebenaran ilmiah.

Lalu bagaimana dengan system dynamics ?, Richardson and Pugh III (1981) mengatakan : ” system dynamics is a methodology for understanding certain kinds of complex problems”.Yang dimaksud dengan metodologi di sini tidak lain adalah ilmu tentang cara menyangkut logika dalam penelitian ilmiah, yakni keseluruhan sistem, metode, peraturan dan hipotesa yang dipakai dalam memahami permasalahan yang kompleks. Metodologi system dynamics itu sendiri sejalan dengan konsep paradigma yang dipopulerkan oleh Thomas Kuhn dalam bukunya berjudul “ The Structure Of Scientific Revolutions “. Paradigma secara umum diartikan sebagai model atau skema. Pemodelan dengan metodologi system dynamics ini makin berkembang pesat sejak diperkenalkan oleh Jay W. Forrester dalam bukunya “ Industrial Dynamics “. Model yang dibuat pada dasarnya merupakan hasil dari suatu upaya untuk membuat tiruan dari dunia nyatanya (Burger, 1966). Untuk mewujudkan hal tersebut, suatu pemodelan haruslah memenuhi (sesuai dengan) metode ilmiah. Saeed (1984) telah melukiskan metode ilmiah ini berdasarkan kepada konsep penyangkalan (refutation) Popper (1969). Metode ini mensyaratkan bahwa suatu model haruslah mempunyai banyak titik kontak (points of contact) dengan kenyataan (reality) dan pembandingan yang berulang kali dengan dunia nyata (real world) melalui titik-titik kontak tersebut. Kemudian barulah model itu dapat dijadikan sebagai suatu dasar untuk memahami dunia nyata dan untuk merancang kebijakan-kebijakan yang dapat mengubah dunia nyata tersebut.